COVID-19

Conoce a tu enemigo: cient赤ficos espa?oles realizan la secuenciaci車n del SARS-CoV-2

Este importante avance permitir芍 conocer mejor las caracter赤sticas del virus, analizar peque?os cambios espec赤ficos que definen su comportamiento y comprender mejor su circulaci車n y difusi車n entre la poblaci車n.

?lvaro Piqueras
PASCAL GUYOT

Una gran noticia. Cient赤ficos del Laboratorio de Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiolog赤a (CNM) del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) han realizado la secuenciaci車n completa del nuevo coronavirus SARS-CoV-2 gracias al uso de muestras respiratorias de pacientes procedentes de diferentes 芍reas geogr芍ficas de Espa?a.

Seg迆n explica Mar赤a Iglesias, investigadora del citado laboratorio, se ha logrado la secuencia del virus completo gracias al uso de nuevos m谷todos de trabajo optimizados y desarrollados en el CNM para la secuenciaci車n completa del virus, entre los que se incluyen nuevos procesos de an芍lisis bioinform芍tico para la obtenci車n de las secuencias gen車micas del SARS-CoV-2.

De acuerdo al conocimiento actual del virus, las secuencias del SARS-CoV-2 se agrupan en 9 'clados' distintos. Los clados son grupos filogen谷ticos que definen la evoluci車n biol車gica de un organismo, y en ellos se pueden observan las diferencias gen谷ticas de los coronavirus circulantes de todo el mundo, que explican c車mo act迆a y se comporta. Seg迆n han determinado los investigadores del CNM, las secuencias espa?olas del SARS-CoV-2 se han relacionado en 3 clados diferentes, denominados S, G y V.

Muestras de diferente procedencia

El estudio de secuenciaci車n se ha realizado directamente sobre muestras cl赤nicas del virus (no con cultivos de laboratorio) con apoyo de las Unidades de Bioinform芍tica y Gen車mica del CNM. Se ha llevado a cabo con muestras cl赤nicas procedentes de:

- Pa赤s Vasco.

- Madrid.

- Andaluc赤a.

- Castilla-La Mancha.

- Castilla y Le車n.

- Catalu?a.

- Galicia.

La amplitud de muestras permite observar un mapa de la circulaci車n y caracter赤sticas de circulaci車n del virus por toda Espa?a. Entre otras cuestiones, el an芍lisis realizado permite caracterizar c車mo se relacionan las diferentes secuencias publicadas hasta el momento, tanto entre s赤 como con secuencias internacionales, y aporta nuevo conocimiento sobre la circulaci車n del virus a nivel auton車mico y nacional.

Tambi谷n revela informaciones m芍s concretas, como la ubicaci車n de secuencias procedentes de Andaluc赤a en un clado distinto al del resto de secuencias espa?olas, que se asocian filogen谷ticamente con secuencias procedentes de virus analizados en pacientes ingleses.

Implicaciones de la investigaci車n: mejorar el manejo de la COVID-19

  • El desarrollo y la validaci車n de nuevos m谷todos de secuenciaci車n masiva permitir芍n aumentar, en un futuro muy pr車ximo, el n迆mero de secuencias espa?olas disponibles en las bases de datos procedentes de todas las comunidades aut車nomas.
  • Haber logrado esta secuenciaci車n del SARS-CoV2 tambi谷n facilitar芍 el estudio de peque?os cambios espec赤ficos del virus, comprender mejor su difusi車n y circulaci車n, y conocer m芍s en profundidad sus caracter赤sticas gen谷ticas.
  • La secuenciaci車n llevada a cabo en el CNM es muy completa y ofrece informaci車n sin ning迆n tipo de indeterminaciones, lo que permitir芍 su uso en estudios comparativos globales
  • Esta secuencia ofrece m芍s informaci車n en torno al virus, algo fundamental para poder desarrollar nuevas herramientas que mejoren el manejo de la enfermedad.
  • Toda la informaci車n de las secuencias obtenidas por el CNM ya es de acceso p迆blico desde diferentes plataformas, como GISAID y Nextstrain, entre otras.

En Espa?a hay otras iniciativas en torno a la secuenciaci車n completa del nuevo coronavirus, como, entre otras, la de la Comunidad de Madrid y un proyecto liderado por la Fundaci車n Fisabio de la Comunidad Valenciana, que ya obtuvo hace unas semanas una primera secuenciaci車n del virus, en su caso obtenido de tres muestras de un mismo hospital.

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